一位兔唇裂顎患兒家長，有感於誕下孩子時的徬徨、無知、無助，致使自己及孩子承受了許多不必要的痛苦；又發覺在專科醫院候診時，家長們主動互相交流照顧孩子的心得及互訴困難，可以抒解內心的抑鬱及獲得更多照顧患兒的知識，於是構思成立一個家長互助會。得到了鄒錫權醫生及金禮祖醫生的協助，一群兔唇裂顎患兒家長終於在一九九一年十二月二十一日，假尖沙咀梳利士巴利道香港基督教男青年會舉行第一次會議，當日出席者約有九十人(二十七個家庭)，並即時推選第一屆委員會委員，「香港兔唇裂顎兒童家長會」由此誕生。成立目的是藉著家長們彼此的支持鼓勵及經驗分享，協助患兒得到最好的照顧和醫治。協會於一九九七年六月更改為目前名稱「香港兔唇裂顎協會」，以配合會務的發展。
二零零一年本會獲房屋署批准在橫頭磡邨租用現時的會址，並獲香港賽馬會慈善信託基金撥款六十萬元作裝修及購置器材和傢俬。本會服務中心於二零零二年一月十九日正式啟用，這標誌著協會可更全面地為會員及唇顎裂患者提供服務。
成立迄今三十年，本會不斷提升為唇顎裂患者及其家人所提供的服務和支援。截至二零二零年初，本會已有登記會員家庭近一千三百個，分別居於香港、澳門及中國內地。